提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
奥林匹克文化推广人侯琨成为国际顾拜旦委员会委员******
中新网北京2月3日电 国际顾拜旦委员会日前在瑞士洛桑举行2023年全体大会。经委员们一致同意,来自中国的奥林匹克文化推广人侯琨成为该委员会新委员。
国际顾拜旦委员会(International Pierre de Coubertin Committee,IPCC)1975年在瑞士成立,总部位于“奥林匹克之都”洛桑。该委员会的使命是传播“现代奥林匹克之父”、国际奥委会创始人顾拜旦先生的思想并与国际奥委会一道在全球范围内弘扬奥林匹克价值观。委员会的名誉主席之一是已故国际奥委会主席萨马兰奇,现任主席为国际知名学者、奥林匹克教育学家、德国科隆体育大学教授Stephan Wassong。
国际顾拜旦委员会长期活跃于全球奥林匹克活动中,并在五大洲许多国家和地区设有大洲或国家级顾拜旦委员会和顾拜旦学校,通过奥林匹克教育的方式向青少年传播奥林匹克价值观和精神。早在2008年北京奥运会期间,该委员会便与北京奥组委一道出版奥林匹克专著,并在国内合作设立顾拜旦学校。2011年,由该委员会主办的第八届青年论坛在北京举行,吸引了来自五大洲的青年相聚。
侯琨在位于瑞士洛桑的顾拜旦故居前 侯琨 供图侯琨现任国际奥委会文化与奥林匹克遗产委员会委员、中国体育集邮与收藏协会常务副主席,十多年来一致致力于在国内外传播奥林匹克理想和价值观。北京冬奥会筹办和成功举办期间,他作为北京冬奥宣讲团的成员和国际奥委会的工作人员,在国内各地以及全世界几十个国家推广北京冬奥理念,讲述中国故事,让更多的人了解奥林匹克运动和北京冬奥会。他还是一位奥运历史研究者和收藏爱好者,珍藏有多件顾拜旦的手稿原件。
在收到国际顾拜旦委员会来函得知自己成为该委员会委员后,侯琨表示会遵循顾拜旦先生的人生格言:看得更远、实话实说、坚定行动(see afar, speak frankly, act firmly),尽自己所能,更好地传播奥林匹克理想,弘扬北京冬奥会精神,向全世界讲述中国的“双奥故事”,让我国的奥林匹克遗产更好地发挥作用。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |